Selon un rapport de 2025 du Bureau australien de l'audit national, le coût du programme de sous-marins nucléaires AUKUS a considérablement augmenté, avec des estimations dépassant désormais 368 milliards de dollars australiens sur 30 ans. Cela suscite des inquiétudes quant au fait que le programme absorbe une part disproportionnée du budget de défense australien, risquant d'évincer d'autres capacités critiques.
Au Royaume-Uni, le rapport annuel 2025 du ministère de la Défense a indiqué que le programme de sous-marins de classe Dreadnought, qui comprend des sous-marins nucléaires armés, fait face à des dépassements de coûts pouvant atteindre 3 milliards de livres sterling, portant le coût total à plus de 41 milliards de livres sterling. Le Bureau national de l'audit britannique a averti que ces coûts croissants exercent une pression sur d'autres priorités de défense.
De même, le programme de sous-marins de classe Columbia des États-Unis, la priorité absolue de la Marine, devrait coûter plus de 132 milliards de dollars américains pour 12 sous-marins, selon le Bureau du budget du Congrès. Des retards et une augmentation des coûts ont été signalés, le Government Accountability Office soulignant les risques pour le plan global de construction navale.
Les analystes de la défense soutiennent que le coût élevé des sous-marins nucléaires, dû à une technologie complexe et à des délais de construction longs, impose des compromis difficiles dans les budgets nationaux. Certains experts suggèrent que les nations pourraient devoir reconsidérer leurs stratégies navales ou rechercher des accords internationaux de partage des coûts pour maintenir une posture de défense équilibrée.