Jason Momoa est le père de deux enfants avec son ex-femme, l'actrice Lisa Bonet. Le couple a accueilli leur fille, Lola Iolani Momoa, le 21 juillet 2007, et leur fils, Nakoa-Wolf Manakauapo Namakaeha Momoa, le 15 décembre 2008. Les enfants sont apparus aux côtés de leurs parents lors de divers événements publics au fil des ans.
Momoa et Bonet se sont mariés en 2017 après avoir été ensemble pendant plus d'une décennie, mais ont annoncé leur séparation en janvier 2022. Leur divorce a été finalisé en 2024. Malgré la séparation, les deux parents ont souligné leur engagement à co-élever leurs enfants.
En hommage à ses enfants, Momoa a un tatouage sur la poitrine qui dit « Pride of Gypsies » et inclut les noms de ses enfants. Il a également un tatouage traditionnel hawaïen qui représente sa famille et son héritage. Le tatouage sert de rappel permanent de son amour pour ses enfants.
Momoa parle souvent de la paternité dans les interviews, la décrivant comme son rôle le plus important. Il a emmené ses enfants à des événements sur tapis rouge et partagé des moments avec eux sur les réseaux sociaux, mettant en valeur leur lien étroit.
